Mais le pari du président Díaz de Mera s’avère payant, puisque renforcé par de nombreux joueurs parmi les meilleurs mondiaux, le duo permet au club de devenir le meilleur club de la fin des années 2000 en remportant de nombreux titres : trois Ligues des champions en l’espace de quatre ans (2006, 2008 et 2009), trois Supercoupes d’Europe et trois Coupes du monde des clubs sur la scène internationale, auxquelles viennent s’ajouter quatre titres consécutifs de champion d’Espagne (2007 à 2010), maillot portugal 2026/2027 quatre nouvelles Coupes du Roi et quatre nouvelles Coupes ASOBAL. Il y joua encore durant deux années. Au retour des vestiaires, Chelsea marque par deux fois et égalise avant de prendre l’avantage. Pedro joue son 100e match le 16 janvier 2011 contre Malaga sous les couleurs du Barça et par la même occasion, marque un but. À la 71e minute de ce match dominé et remporté 3 buts à 0 par les Parisiens, Thiago Silva croit inscrire un but exceptionnel.
Le 27 novembre 2011, il porte pour la première fois le brassard de capitaine du Milan AC lors d’un match face au Chievo Verone. À la suite de sa première saison jouée à Malines, il fut élu révélation de l’année. Les arbitres menacent de faire grève au niveau de l’UEFA à la suite de la démission d’Anders Frisk, consécutive aux menaces de mort proférées à son encontre lors de la double confrontation Chelsea-Barcelone en Ligue des champions. Cette blessure empêche Thiago Silva de participer au match de phases de groupe de Ligue des champions face au Real Madrid. Silva reste un cadre important du onze titulaire de l’équipe et évolue cette fois au coeur d’une défense à trois défenseurs. Si le PSG a fait une croix sur le titre après cette défaite, le club était déjà assuré de garder sa seconde place, qualificative pour l’Europe l’an prochain. Orpheline de Zlatan Ibrahimović, cette saison du PSG fut décevante pour Thiago Silva et son nouvel entraîneur Unai Emery. Thiago Silva fait ses premiers pas en Coupe du monde lors de la Coupe du monde de football de 2014 organisée au Brésil. Thiago Silva remporte ainsi son premier Trophée des Champions. Lors d’un match face au FC Zurich, le 8 décembre 2009, Thiago Silva est remplacé après vingt minutes de jeu à cause d’une blessure musculaire.
Le 2 avril 2013, Thiago Silva dispute le premier quart de finale de Ligue des champions de sa carrière lors du match aller face au FC Barcelone. Thiago Silva ainsi que ses coéquipiers se retrouvent rapidement en difficulté au Parc Olympique lyonnais. Thiago Silva est le défenseur le plus fort du monde. Au-delà de la mise en place du système de jeu en 4-4-2, Ancelotti confie progressivement le brassard à Thiago Silva aux dépens de Christophe Jallet, pas toujours titulaire car soumis à la concurrence de Gregory van der Wiel. Thiago Silva, absent lors des quatre matchs suivant sa blessure, revient pour jouer le derby de la Madonnina contre l’Inter Milan. Il s’agit du 11e trophée pour Thiago Silva, au Paris Saint-Germain. Thiago Silva et les siens dominent largement la première moitié de saison en Ligue 1, avec de larges victoires face à l’Association sportive de Monaco football club (victoire 3 buts à 0) ou l’Association sportive de Saint-Étienne (victoire 4 buts à 1), notamment. Alves est la première recrue de l’ère Guardiola. En 2014, selon Deloitte Touche Tohmatsu, le Real est le club le plus riche du monde, avec des revenus estimé à 549,5 millions d’euros. La saison suivante voit l’arrivée au club d’Alexis Sánchez et le retour de Cesc Fàbregas, qui contribuent aux nouveaux succès de l’équipe en Supercoupe d’Espagne face au Real Madrid, la Supercoupe d’Europe face au FC Porto et la Coupe du monde des clubs face au Santos FC.